Füzyon İlişkili Tümörlerde Moleküler Tuzaklar: FISH mi, RNA-NGS mi?

Gen yeniden düzenlenmesi saptamak, tam füzyon partnerini tanımlamak ve tümörün histolojik tipini belirlemek üç farklı işlemdir. En sık hata bu bilgi düzeylerini eşdeğer görmektir.

Füzyon malignite kanıtı değildir

USP6 ilişkili nodüler fasiit ve anevrizmal kemik kisti gibi benign lezyonlar füzyon veya yeniden düzenlenme taşıyabilir. Lipoblastoma ve bazı başka benign neoplazmlarda da karakteristik genetik olaylar görülür. Histolojik malignite derecesi yalnız gen değişikliğiyle belirlenmez.

Bir gen, çok sayıda tümör

EWSR1 farklı tümör ailelerinde çok çeşitli partnerlerle füzyon oluşturabilir. EWSR1 break-apart FISH pozitifliğini doğrudan Ewing sarkomu kabul etmeyin.

Benzer biçimde ETV6::NTRK3 gibi füzyonlar, anatomik ve histolojik bağlama göre farklı neoplazmlarda bulunabilir.

İmmünohistokimya surrogate olabilir

SFT'de nükleer STAT6, LGFMS'de MUC4 veya sinovyal sarkomda SS18-SSX antikorları önemli tanısal destek sağlayabilir. Ancak protein boyanması gerçek RNA füzyon transkriptinin saptanmasıyla aynı düzeyde bilgi değildir.

İmmünboya beklenmedikse kesit kalitesi, internal kontrol ve hücresel lokalizasyon tekrar değerlendirilmelidir.

FISH'in yeri

Break-apart FISH parafin dokuda uygulanabilen hedefli bir yöntemdir ve gen düzenlenmesini gösterebilir. Ancak partneri göstermeyebilir; yakın gen bölgeleri ve kompleks kırılmalar nedeniyle yorum güçleşebilir.

Tek hücre düzeyinde sinyal paterni, tümör oranı ve laboratuvarın geçerli eşikleri dikkate alınmalıdır.

RNA-NGS'nin yeri

RNA temelli analiz, uygun panel ve kalitede füzyon partneri, breakpoint ve transkript çerçevesi hakkında daha doğrudan bilgi sağlar. Negatif RNA sonucu tüm genetik füzyonların dışlandığı anlamına gelmez: gen kapsamı, RNA kalitesi, ekspresyon ve biyoinformatik filtreler önemlidir.

Nadir bir aday füzyonda split/junction okuma desteği, okuma dağılımı, in-frame durumu, kontaminasyon ve tekrarlayan artefaktlar gözden geçirilmelidir.

Rapor için kısa standart

• Gerçekten hangi moleküler olay gösterildi?
• Gen çifti ve kullanılan yöntem nedir?
• Sonucun morfoloji/İHK ile uyumu nasıl?
• Negatif veya belirsiz sonucun teknik sınırlılıkları nedir?
• Gerekiyorsa hangi doğrulama önerilir?

Sonuç: Moleküler test, doğru histolojik soruya yanıt verdiğinde en yararlıdır. Tanı koyan tek başına FISH veya NGS sonucu değil, morfoloji–fenotip–genetik tutarlılığıdır.

Daha fazlasını oku

Seçilmiş kaynaklar

• Kemik/yumuşak doku tümörlerinde hedefli RNA dizileme
• Promiscuous füzyonların tanısal tuzakları
• Füzyon pozitif yumuşak doku tümörleri derlemesi
• İlgili yazı: H&E'de Füzyon Düşündüren Bulgular

Etiketler: Füzyon · FISH · RNA-NGS · EWSR1 · Moleküler Patoloji