DNA Metilasyon Profillemesi: Standart NGS Panelinden Farkı
Özellikle santral sinir sistemi tümörlerinde genom çapında DNA metilasyon profili, morfolojik olarak benzer tümörleri moleküler sınıflara ayırmada yardımcı olabilir. Ancak metilasyon analizi, DNA dizisinde mutasyon veya füzyon arayan standart NGS ile aynı test değildir.
Ne ölçülüyor?
Metilasyon sınıflayıcıları, DNA'nın farklı bölgelerindeki CpG metilasyon örüntülerini karşılaştırır. Bir tümörün epigenetik profili, referans kohortlarla karşılaştırılarak olası moleküler sınıf önerilir.
Bu sonuç, histolojik tanının yerine geçmeyen bir olasılık/sınıflandırıcı çıktısıdır. Sınıflandırıcı skoru, örnek hücreselliği, doku kalitesi ve referans veri setinin kapsamı birlikte değerlendirilmelidir.
679 genlik DNA paneli metilasyonu verir mi?
Standart somatik DNA-NGS panelinden yalnız varyant, CNV, TMB, MSI veya HRD verilerini okuyarak güvenilir genom çapında metilasyon sınıfı üretilemez.
Metilasyon bilgisi için ilgili biyokimyasal sinyali ölçen ayrı validasyonlu laboratuvar yöntemi gerekir. Kullanılan panelde metilasyona özgü bir preparasyon veya okuma basamağı bulunmuyorsa yazılımsal ekleme yeterli değildir.
Hangi yöntemler kullanılabilir?
Metilasyon array'leri: Epigenetik sınıflayıcılarda yaygın kullanılan yöntemlerdendir. FFPE dokuda örnek ve platform validasyonu önemlidir.
Bisülfit temelli sekanslama: Metilasyon durumuna göre dönüşüm sağlayarak genomik örüntülerin değerlendirilmesine imkân tanır.
Nanopore ve başka doğrudan metilasyon okumaları: Ek dönüştürme yapılmadan metilasyon sinyalini ölçebilen araştırma/klinik validasyon yöntemleri bulunmaktadır. Hızlı CNS tanı akışlarına ilişkin yayınlar vardır; yerel kullanım için doğrulama gereklidir.
MGMT metilasyonu ile karıştırmayın
MGMT promoter metilasyonu, uygun klinikopatolojik bağlamda belirli bir gen bölgesinin durumunu değerlendirir. Genom çapında metilasyon sınıflandırması ise tümörün daha geniş epigenetik profilinden sınıf önerir. Bu iki test farklı soruları yanıtlar.
Sonuçla birlikte CNV elde edilebilir mi?
Bazı metilasyon platformları kopya sayısı profiline ilişkin veri de sağlayabilir. Ancak burada sunulan CNV profili, bağımsız DNA panelinin bütün hedefli SNV/indel ve füzyon analizlerini kapsamaz.
Ne zaman isteyelim?
- Morfoloji, İHK ve mevcut moleküler sonuçlar arasında uyumsuzluk varsa.
- Nadiren görülen CNS neoplazmında alt sınıflama tanıyı değiştirebilecekse.
- WHO sınıflaması veya klinik karar için epigenetik doğrulama gerekli olduğunda.
- Tek başına mevcut histoloji/genetik ile kesin alt tip belirlenemeyen seçilmiş olgularda.
Sonuç: Metilasyon sınıflandırması patoloğa ek bir moleküler katman sunar; genom çapında metilasyonu hiç ölçmeyen NGS paneline yalnız yazılımla eklenebilen bir özellik değildir.
Daha fazlasını oku
Seçilmiş kaynaklar
- Capper ve ark. CNS tümörlerinin DNA metilasyon sınıflandırması
- cIMPACT-NOW Update 9
- Genişletilmiş CNS metilasyon sınıflandırıcısı
- FFPE materyalde nanopore metilasyon ve CNV
Etiketler: Moleküler Patoloji · Nöropatoloji · DNA Metilasyonu · NGS · Epigenetik