MTAP delesyonunun doğru belirlenmesi, PRMT5–MAT2A eksenini hedefleyen yeni tedaviler açısından giderek önem kazanıyor. Bu pan-kanser çalışma, ekzom dizilemede belirsiz görünen MTAP kopya sayısı sonuçlarının immünohistokimya ve gerektiğinde FISH ile güvenilir biçimde çözülebileceğini gösteriyor.
Çalışmanın katkısı
Araştırmacılar, ekzom dizilemesi yapılmış 2.409 tümörde MTAP durumunu iki ayrı biyoinformatik algoritmayla sınıflandırdı. Dokusu bulunan olgularda üç farklı MTAP antikoru kullanıldı; seçilmiş örnekler FISH ve RNA dizilemesiyle de incelendi.
İHK ile genomik sınıflandırma, açıkça yabanıl tip veya homozigot delesyon taşıyan tümörlerde yüksek uyum gösterdi. Asıl önemli bulgu, NGS tarafından “olası heterozigot delesyon” olarak sınıflanan birçok tümörde protein kaybının saptanması ve bu olguların bir bölümünde homozigot delesyonun FISH ile doğrulanmasıydı. Belirsizlik yalnızca düşük tümör hücreselliğiyle açıklanamıyordu.
Patoloji pratiğine yansıması
- Belirsiz veya sınırda MTAP kopya sayısı sonucu, otomatik olarak gerçek heterozigot kayıp şeklinde yorumlanmamalı.
- Böyle olgularda refleks MTAP İHK, hızlı ve erişilebilir bir ortogonal doğrulama yöntemi olabilir.
- İHK’de kayıp saptanması, gerektiğinde FISH ile doğrulanarak hastanın MTAP eksikliğini hedefleyen klinik çalışmalar veya yeni tedaviler için değerlendirilmesini kolaylaştırabilir.
- Çalışma, İHK’yi NGS’nin yerine değil, özellikle gri bölgedeki sonuçları tamamlayan bir test olarak konumlandırıyor.
Özette İHK uygulanan alt grubun büyüklüğü ve antikor klonlarına ait ayrı performans ölçütleri verilmemiştir. Ayrıca test algoritmasının tedavi yanıtını iyileştirdiği henüz gösterilmediğinden, sonuçlar analitik doğrulama ve hasta seçiminin geliştirilmesi düzeyinde değerlendirilmelidir.
Kaynaklar
- Immunohistochemistry Resolves Indeterminate MTAP Deletion Calls from Exome Sequencing: A Pan-Cancer Concordance Study. PMID: 42778110. PubMed