Morfolojiden Moleküler Kalite Kontrolüne: Tanının Kırılgan Noktaları

Günün öne çıkan RMC çalışması ayrı yazıda ele alındı; onun ayırt edici yönü, özgül patolojik tanıyı doğrudan hedefe yönelik tedaviye bağlamasıydı.

Geri kalan yüksek sinyalli yayınlar ise tanısal aşırı yorumdan kaçınma, doku temelli enfeksiyon tanısı, IHK ve NGS kalite kontrolü, T1 kolorektal kanserde risk raporlaması ve biyopsiden yeni moleküler sınıflamalar geliştirilmesi üzerinde yoğunlaşıyor.

Overyan teratomlarda SOX2 pozitifliği immatürite anlamına gelmeyebilir

Dokuz immatür ve 52 matür teratomdan oluşan çok merkezli seride SOX2; immatür nöroepitelin yanı sıra matür glia, ependimal yapılar, retina ve bazı matür epitellerde de pozitifti. Morfoloji yeniden değerlendirildiğinde başlangıçta immatür teratom tanısı verilen dokuz olgunun beşi matür teratom olarak yeniden sınıflandırıldı.

Pratik mesaj nettir: SOX2 nöroektodermal farklılaşmaya duyarlı, fakat immatüriteye özgül değildir. Özellikle ependimal rozetler immatür nöroepitel olarak yorumlanmamalı; boyanma paterni, morfoloji ve SALL4 birlikte değerlendirilmelidir. İmmatür olgu sayısının küçük olması önemli bir sınırlamadır.

Doku panfungal PCR’si kültürden duyarlı, fakat standardizasyon hâlâ eksik

Yirmi sekiz çalışmanın meta-analizinde panfungal PCR’nin FFPE dokudaki duyarlılığı yaklaşık %75, özgüllüğü %94 bulundu. Taze veya donmuş dokuda duyarlılık yaklaşık %87’ye yükseldi. Doğrudan karşılaştırmalarda PCR duyarlılığı kültürden belirgin biçimde yüksekti.

Histolojide fungal eleman görülen ancak kültürün negatif kaldığı olgularda panfungal PCR güçlü bir tamamlayıcı araçtır. Bununla birlikte çalışmalar arası değişkenlik yüksek; 18S, 28S veya ITS hedeflerinden birinin üstünlüğü gösterilemedi. Sonuç, morfolojik bulgular ve kontaminasyon olasılığıyla birlikte yorumlanmalıdır.

“Kullanıma hazır” antikor, doğrulamaya hazır demek değil

İki otomatik platformdaki 125 kullanıma hazır antikorun üretici protokolleriyle değerlendirildiği çalışmada, platformlardan birinde 62 antikorun 58’i; diğerinde 63 antikorun yalnızca 37’si optimal veya iyi performans gösterdi. İkinci grupta 26 antikor sınırda ya da yetersizdi.

Bu sonuç doğrudan markalar arası evrensel bir sıralama olarak okunmamalıdır. Yerel preanalitik koşullar, platform, protokol ve hedef doku sonucu değiştirebilir. Ancak üretici ayarlarının kabul öncesi doğrulamanın yerine geçemeyeceğini güçlü biçimde hatırlatıyor.

Tümör-only NGS’de CNV çağrıları batch etkisine açık

Dört yılda üretilen 12.104 klinik dizileme verisi ve 1.454 batch’in incelenmesi, normal paneli kullanılsa bile gen düzeyindeki fold-change değerlerinin batch’e bağlı dalgalanabildiğini gösterdi. Bu durum yanlış delesyon veya kazanım çağrılarına yol açabilir.

Moleküler patoloji laboratuvarları için pratik öneri, CNV yorumuna her batch’in medyan ve medyan mutlak sapma değerlerini dahil etmektir. Panel-of-normals tek başına bütün lot, prob ve çalışma serisi etkilerini gidermeyebilir.

T1 kolorektal kanserde invazyon derinliğinin kendi içinde de risk ayrımı var

Başka yüksek risk özelliği olmadan yalnızca 1.000 µm’den derin submukozal invazyon gösteren 179 T1 kolorektal kanserin çok merkezli analizinde, cerrahi uygulanan hastalarda nodal metastaz oranı %12,9’du. İnvazyon derinliği 2.000 µm’nin altında olanlarda oran %2 iken, 2.000 µm ve üzerinde yaklaşık %20’ye çıktı.

Retrospektif seçim etkileri nedeniyle bu veri mevcut cerrahi eşiklerini tek başına değiştirmez. Buna karşılık submukozal invazyonun yalnızca “var/yok” biçiminde değil, güvenilir ve ölçülebilir biçimde raporlanmasının klinik önemini güçlendiriyor.

PSC’de safra ekstraselüler vezikülleri erken CCA sinyali taşıyor

PSC, eşzamanlı kolanjiyokarsinom ve daha sonra kolanjiyokarsinom geliştiren toplam 74 hastadan alınan safra örneklerinde, ekstraselüler vezikül protein panelleri CA19-9’dan daha yüksek ayırıcı performans gösterdi. Dört proteinli modelin kohort içi AUC değeri 0,993’tü; başka bir üç proteinli panel klinik veya radyolojik tanıdan önce malignite sinyali verdi.

Hasta sayısı küçük, model performansı iç doğrulamaya dayanıyor ve bağımsız dış doğrulama bulunmuyor. Bu nedenle rutin test değil; ERCP sırasında alınan safranın gelecekte PSC sürveyansına eklenebilecek moleküler bir örnek türü olabileceğini gösteren keşif çalışmasıdır.

Lupus nefritinde FFPE proteomik iki moleküler alt tip gösterdi

Dört merkezden biyopsiyle doğrulanmış 292 lupus nefriti olgusunun FFPE proteomik analizi iki kararlı moleküler grup tanımladı. İnterferon, kompleman ve fagolizozomal yolların baskın olduğu grup daha kötü böbrek fonksiyonu ve daha yüksek kronisite indeksiyle ilişkiliydi. APOL1 aday ayırıcı biyobelirteç olarak öne çıktı; proliferatif ve membranöz sınıfları ayıran beş proteinli panelin AUC değeri yaklaşık 0,76’ydı.

Bulgular mevcut histolojik sınıflamanın yerini almıyor. Ancak rutin arşiv bloklarından biyolojik alt tip ve risk bilgisi üretilebileceğini göstererek, gelecekte morfoloji ile moleküler aktiviteyi birleştiren lupus nefriti raporlamasına zemin hazırlıyor.

Kaynaklar

Bu yazı bireysel yorum ve eğitim amaçlıdır; tanı veya raporlama amacıyla kullanılamaz.